멜번에서 살아남기/[멜번대] 박사과정 일상 25

Melbourne univ computational biology 3학년 1학기는 마치며. (참고로..대학원 3학년 1학기...졸업은?)

느낌이 이상하다. 나는 대학원을 3년째 다니고 있고,나랑 비슷한 전공을 하고있다고 이야기하는? (적어도 외부에서는 그렇게 평가하는) bioinformatics 를 전공하는 학생들은 지금 박사 1년차를 하고 있지만, 나는 아직도 석사를 졸업하지 못하고 있다, 뭐 사실 3년 과정이니... 못하고있다라기 보다는 정규코스를 이수하고 있다.. 라고 표현하는것이 맞기는 하겠다. 3년째 대학원을 다니면서 참 많은 수업을 들어왔다.우리학교 bioinformatics 학생들이 듣는 거의 모든 수업은 이수하였고. 더불어 우리 학과의 특이적인 다양한 수학적 모델링 수업들도 이수했으니, 뭐 학부 4.5년, 석사 3 년에 가까운 시간동안 정말 많은 생물학, 화학, 수학 수업들을 들어왔다고 느끼고 있다. 첫번째로. 대학원에 와서..

새로운 연구프로젝트를 위한 contact 하기 (인터뷰에 관한 이야기)

그렇다. 다행히도 나는 지난 이년동안 진흙탕을 구르며 발버둥을 친 덕분에 간신히 계산과학의 늪(정확히는 계산생물학의 늪)에서 살아남고 있다. 이제 마지막 1년이 나를 기다리고 있다. 이제 전공수업은 몇개 남지않았고 (환경모델링과 고급통계유전학....) 나머지는 커뮤니케이션 수업들과 연구 프로젝트이다. 지난 2년동안의 나의 헐떡거림을 코스-코디네이터 교수님이 어느정도 알아주었는지 나는 일년동안 한학기당 25pt씩 총 50pt 의 학점을 받을 수 있는 research project 과목을 수강할 수 있도록 허락해주셨다. 이사를 한뒤 확률론 공부를 한다는 핑계로 좀 뒹굴거렸는데.... 이제는 더이상 미룰 수 없기에 이번주 부터 연구거지가 되어 교수님들에게 연구 프로젝트에 참여할 것이 없는지 구걸메일을 보냈다...

2021년도에 들은 수업들을 돌아보며

작년에는 처음 입학해서 확률론, 기초통계학들을 들었던 반면, 올해는 조금더 수리생물에 응용된 학문들을 신청해서 들을 수 있게 되었다. 올해도 작년과 같이 8개의 과목을 일년동안 이수했는데 이수한 과목들과 생각을 적어보는 시간을 가질까 한다. MAST20029 Engineering Mathematics (공학수학) 공학수학은 딱히 들을 생각은 없었지만 시스템생물학의 선수강 과목이라 여름학기로 부랴부랴신청해서 수강한 2021년도 첫 과목이였다. 한달동안 엄청 빠르게 해석학, 미분방정식, 편미분방정식, 라플라스, 퓨리에 변환등을 넘어가기 때문에 한달이 어떻게 지나가는 지도 모르게 공부했었던것 같다. BINF90001 Statistics for Bioinformatics (생명정보통계학) 생명정보학과 코어 수업..

계산생물학 석사 2학년 2학기 수강과목들 (어떤 과목을 수강취소할까?)

지난학기 나는 아래와 같은 4과목을 수강하였다. BNIF90001 Statistics for Bioinformatics BMEN90027 Systems and Synthetic Biology COMP90016 Computationa Genomics MAST90127 Advanced Biological Modelling: Dynamics. 테크니컬하게는 작년부터 한학기당 4개의 과목을 들어온적은 없었는데 (그렇다, 나는 1학년 2학기때 아무생각없이 Stochastic modeling 이라는 과목을 신청했다가 눈물의 수강드랍을 하였다.) 각각의 과목마다 3개혹은 4개씩의 코딩 및 에세이를 쓰는 과제들이 있어 한 학기가 어떻게 지나가는지 모르게 과제만 하며 후다닥 지나가 버렸다. 1학기에는 참 기분이 이상한 ..

러닝할땐 fitbit 과 함께 해요 (fitbit charge 4)

나는 러닝을 매우 좋아하는 편이다. 그리하여 나의 운동의 대부분은 날이 좋으면 러닝 비가 오면 로잉머신을 한다. (둘다 유산소네... 근력운동도 해야할터인디...) 넓은 공원이 많은 호주는 정말정말 러닝하기에 너무너무 좋은 환경을 갖추고 있다고 생각한다. 그래서인지 뛰러 나가면, 한국에서 뛰었을 때보다 훨씬훨씬 러닝 능력자 들을 쉽게 만날 수 있다. 자주 러닝을 하는 사람이라면 알겠지만, 뛰다보면, 내가 얼마나 뛰었는지, 어느 페이스로 뛰고 있는지 궁금하다. 그래서 작년까지는 핸드폰을 들고서 나이키런이란 앱을 통해 러닝거리등을 측정하면서 뛰었다. 하지만 내가 작년에 핸드폰 액정을 부셔버리는 바람에 새로운 폰을 사게 되었고, 새로운 폰은 체감상 이전폰에 비하여 벽돌이상 급의 무게를 지니고 있기 때문에 더이..

[Manim] Manim을 설치해보자

전공공부를 하면서 다양한 모델링과 시뮬레이션을 하다보니, 무엇이든 수학적인 내용을 시각적으로 설명할 수 있는 툴들에 관심이 많다. 상황이 이러다보니, Youtube를 둘러보다가 정말 잘 만들어진 영상들을 보면 와 이걸 어떻게 만들었을까? 컴퓨터 그래픽스를 공부한 사람들이랑 함께 제작한 것일까? 이런 생각들을 하곤했다. 자주보는 Youtube 영상시리즈 중 하나는 3Blue1Brown 이라는 채널인데, 영상미가 너무 좋아서 단순히 수학을 설명하는 채널임에도 불구하고... 구독자가 382명에 육박한다. 최근에 이 채널의 영상들이 Python 패키지를 통해 만들어지고 있음을 알게되었다. 나는 Python 프로그래밍은 어느정도 능숙해진 상황이라 최근부터 Manim이라는 패키지를 설치하여 이것저것 공부해보고 있다..

멜번대 수강신청은 어떻게 진행될까?

멜번대에 입학하고서 신기했던 점 중에 하나는 더이상 치열하고 전쟁같았던 수강신청이 사라졌다는 것이다. 이점은 나에게는 축복과도 같은데 그 이유는 내가 온라인 수강신청을 더럽게 못하기 때문이다. 진심으로 학부기간 4학년 내내 수강신청에 한번도 성공해본적이 없는 듯 하다.;;;; 이러한 나의 느린 손으로 인하여 학기 시작하는 첫주는 항상 수강을 허락해달라는 교수님들에게 보내는 메일들 혹은 교수님사무실 근처를 돌아다니며 교수님만을 만나길 고대하는 시간들로 채워지곤 했었다. 반면에, 파이펫씨는 수강신청과 온라인 티켓팅같은 것을 매우 잘하는 편이여서 맨날 부러운 눈으로 지켜보곤 하였다...ㅠ 멜번대 수강신청은 따로 수강신청 기간이 정해져 있기 보다는 self-enrollment day 전까지 수강을 알아서 신청하..

21년 1학기가 끝난 뒤 방학기간 동안 공부하고 있는 것들

어느덧 벌써 계산생물학 전공을 시작한지도 3학기가 지나고 나의 석사과정의 반을 보내버렸다. 3학기 내내 허겁지겁 기초지식들을 익히느라 많은 시간을 정신없이 보내다보니 호주에 온지도 1년반이 넘었다는 사실에 경악을 감추지 못하고 있다. 이번 방학은 역시 모델링과목들과 수학과목들을 집중적으로 공부할 생각이다. 지금 하고 있고 끝낸 공부들을 이 포스팅에 방학기 끝날 때까지 수정하면서 나열해볼 생각이다. 1. Applied Linear Algebra (2020 Stanford Enginnering subject) (12/54) 아쉽게도 나는 학부때 선형대수라는 과목을 들어본적이 없기 때문에 항상 모르는 것 만 보이면 선형대수를 안배워서 모르는 것이 아닌가 하는 착각을 가질 때가 많다 (사실 그냥 다 모르는거다;..

컴퓨터씨가 21년에 이루고 싶은 것들

함께 지내고 있는 룸메이트 파이펫씨가 20년 마지막날을 기념하며 21년에 이루고 싶은 것들을 적어보자고 하였다. 12월 31일에는 항상 종소리도 듣기 전에 잠이 들어버리는 타입이라 새해다짐같은 것은 많이 세워 본적이 없는데 룸메 덕분에 새로 산 다이어리의 첫장에 새해계획을 써 보았다. 1. 주당 20km 이상 러닝 사실 한 번 나가면 10km정도를 뛰는 날이 많기 때문에 이 계획은 매우 보수적으로 잡은 계획이다. 시험기간이라던가 과제가 많이 쌓여있는 주간에도 빼먹지 않고 할 수 있게끔 말이다. 뛰는 것은 좋아하는 편이라서 잘 지켜 보고자 한다. 2. 다이어리 끝 까지 써보기 나는 태어나서 다이어리를 끝까지 써본적이 없다. 매년 나의 다이어리는 1월 길면 3월이면 그 수명을 다하는 편이다. 작년에 스타벅스..

방학기간동안 읽고 있는 전공책들 (방학을 마무리하며)

다음 주면 계절학기가 시작되기 때문에 사실상 저의 방학은 끝이 났습니다. 이번 계절학기에는 다음학기에 시스템 생물학 강의를 듣기 위해 공학수학을 듣기로 하였습니다. 공학수학을 들으려면 calculus2를 prerequisite으로 들었어야 했는데 역시 나는 그런 수업을 들은적이 없기에 waiver를 받아야 했습니다. (waiver는 대학원생이라고 메일을 보내면 학부 1학년 2학년 수학과목 정도는 보통 잘 주는 편이긴 합니다.) (여태까지 이런것도 안듣고 뭐했냐라는 생각을 하시겠지...ㅋㅋㅋ) 교수님께 prerequisite waiver를 한~~참 전에 요청드렸는데 거의 12월 중순이후 계속 휴가를 쓰셔서.. 아직까지도 허락을 못 받은것은 함정이지만 course coordinator 교수님께서도 자기가 메..

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