21년 1학기가 끝난 뒤 방학기간 동안 공부하고 있는 것들

어느덧 벌써 계산생물학 전공을 시작한지도 3학기가 지나고 나의 석사과정의 반을 보내버렸다.

3학기 내내 허겁지겁 기초지식들을 익히느라 많은 시간을 정신없이 보내다보니 호주에 온지도 1년반이 넘었다는 사실에 

경악을 감추지 못하고 있다.

이번 방학은 역시 모델링과목들과 수학과목들을 집중적으로 공부할 생각이다. 

지금 하고 있고 끝낸 공부들을 이 포스팅에 방학기 끝날 때까지 수정하면서 나열해볼 생각이다.

 

1. Applied Linear Algebra (2020 Stanford Enginnering subject)  (12/54)

아쉽게도 나는 학부때 선형대수라는 과목을 들어본적이 없기 때문에 항상 모르는 것 만 보이면 선형대수를 안배워서 모르는 것이 아닌가 하는 착각을 가질 때가 많다 (사실 그냥 다 모르는거다;;). 이번 방학때도 역시 선형대수를 공부한다. 사실 석사과정에 입학하기전에 혼자 선형대수를 공부했었기 때문에 책을 처음부터 다시 보자니 마음이 따라주지 않아서 틈틈히 강의를 보려고 한다

• 현재 12강 까지 들었는데 대부분 이미 학습했던 내용이지만 교수가 친절하게 설명해주는점, 선형대수의 수학적 부분이 아닌 응용위주로 설명해주는 부분은 마음이 든다. (02/07)

 

https://www.youtube.com/playlist?list=PLoROMvodv4rMz-WbFQtNUsUElIh2cPmN9

 

 

2. Numerical Methods and Optimization an Introduction

그래도 계산과학을 공부하는 학생인디 수치해석은 좀 할줄 알아야겠다는 생각에 부랴부랴 선택한 책.

수학적인 표현들로 인하여 매끄럽게 읽히는것은 아니지만, 증명보다는 컨셉위주로 읽고있는 중

• 4장 까지 읽음. (02/07)
• 10장 까지 읽음. (08/07)
• simplex method 부터는 생소하여 Youtube 에서 강의를 듣고있음 

2.1 Penn state 의 Wen Shen 교수님의 Linear programming 강의. 예시도 친절하고 설명도 아주깔끔하다 다만 속도가 답답하여 좀 빠른배속으로 듣고있다. 기본적인 optimization이나 linear programming에 대한 감이 없다면 한번 쯤 들어보면 좋을 것 같다.

 

 https://www.youtube.com/watch?v=TxidmVD90EM&list=PLbxFfU5GKZz2-4Y3YwRFVVDEMlmxYfY6y

• (31/81) (08/07)

3. An Introduction to Agent-Based Modeling

모델링을 배우며 고민하는 것들중하나인 Emergence를 어떻게 설명해야하는지에 대한 궁금증에 대한 답을 얻기 위해 읽기 시작한 책. 수학적으로 쓰여지기보다는 매우 practical 한 책으로 보인다. 

 

• chapter 1 까지 읽음 아직까지는 agent-based modeling에 대한 기본적인 설명들만 나옴 (02/07)
• Chapter 1 까지만 읽고 다른 책들로 넘어가 버렸다;;

4. BioBuilder

유전공학과 응용화학, 그리고 현재 계산생물학을 전공하고 있는 나로서는 당연하게도 live system을 디자인하고 product를 생산해 내는 합성생물학과 시스템 생물학에 깊은 관심이 있다.

이 책은 합성생물학의 기본적인 철학을 아주 쉽게 설명한 책이라고 생각된다.

주말동안 시간 가는줄 모르고 술술 읽어버렸다. ㅎㅎ 

 

5. Hands-On simulation Modeling with Python

1학기가 끝난 뒤 가장 먼저 본 책으로 기억한다. 맨 뒷부분의 application 만 빼고 앞부분의 이론과 실습은 모두 보았다.

큰 틀들은 대부분 학교에서 이미 배운 내용이었으나, Numerical analysis에 관한 부분들은 Python 코드로 새로 배우거나, 복습을 할 수 있었다는 점에서는 만족한다.

(신기하게도 학교 수업들에서는 Numerical analysis 따위는 학부에서 다 배워왔겠거니 하고 가르칠 생각 조차 없는 것 같기 때문에 혼자서 독학을 해야한다....)