2021년도에 들은 수업들을 돌아보며

작년에는 처음 입학해서 확률론, 기초통계학들을 들었던 반면, 

올해는 조금더 수리생물에 응용된 학문들을 신청해서 들을 수 있게 되었다.

 

올해도 작년과 같이 8개의 과목을 일년동안 이수했는데 

이수한 과목들과 생각을 적어보는 시간을 가질까 한다.

 

MAST20029 Engineering Mathematics (공학수학)

공학수학은 딱히 들을 생각은 없었지만 시스템생물학의 선수강 과목이라 여름학기로 부랴부랴신청해서 수강한 

2021년도 첫 과목이였다. 한달동안 엄청 빠르게 해석학, 미분방정식, 편미분방정식, 라플라스, 퓨리에 변환등을 

넘어가기 때문에 한달이 어떻게 지나가는 지도 모르게 공부했었던것 같다. 

 

 

BINF90001 Statistics for Bioinformatics (생명정보통계학)

생명정보학과 코어 수업이지만 내가 있는 계산생물학 elective에도 포함되있어서 신청한 수업이다.

올해는 특이하게 David 교수님이 은퇴하시기 전에 마지막으로 이 강의를 담당 하셨는데, 

수학적인 표현들보다는 생물학도가 이해하기 편하도록 기본적인 개념들 위주로 통계학적 개념들을 잘 설명해 주셔서

매우 만족스러운 수업이었다. 2학기에 들은 전산통계학 수업에도 많은 도움이 되었다.

 

 

BMEN90027 Systems and Synthetic Biology (시스템 & 합성생물학)

시스템생물학. 개인적으로 관심이 많은 과목이여서, 올해 가장 많은 기대를 가지고 신청한 수업이지만,

기대를 많이 해서인지 크게 만족하지 못한 수업이다. 공대과목안에 있어서 그런지 간단한 시뮬레이션 위주의 수업이였고 컨셉들도 수학적으로 좀더 다뤄주었으면 좋았을 것 같다는 생각을 하였다. 

기본적인 gene regulatory system, metabolic system 들을 생각해볼 수 있는 좋은 기회였지만,

마지막 몇강의는 교수님께서 갑자기 돌아가시는 바람에 듣지 못하게 되었다. 

이래저래 안타까운 수업이였다.

 

 

COMP90016 Computational Genomics (전산 유전학)

현대 유전학에서 쓰이고 있는 시퀀싱 tech와 다양한 알고리즘등을 실습위주로 배울 수 있는 수업이였다.

각각의 수업마다 그 분야의 전문가들이 따로 강의를 찍어올려주셔서

전문성이 있는 강의를 들을 수 있다는 점도 매우 만족스러웠다.

기존의 genomics 분석들에 대한 기술들과 분석은 이전에 알고 있는 내용들이 많아

수업은 수월하게 따라갈 수 있었다.

 

 

MAST90127 Advanced Biological Modelling: Dynamics (고급 생물 모델링)

올해부터 계산생물학 전공이 사라지면서 응용수학과에 수리생물학전공이 생겼는데,

그러다 보니 응용수학과 학생들이랑 들은 강의였다. 

아무래도 수학과 학생들이랑 듣다보니 수업적난이도가 높아질까봐 긴장을 많이한 강의였다.

하지만 학생수도 5명 정도였고, 강의를 해주신 포닥선생님 께서도 잘 챙겨주셔서, 성공적으로 마무리 할 수 있었다.

MCMC로 parameter estimation하는 방법들을 코딩으로 실습할 수 있는 기회가 주어져서 매우 도움이 되었다.

이외에도 sensitivity analysis등의 컨셉도 익혀서 전반적인 수학적 모델링에 대하여 생각해볼수 있는 매우 좋은 강의였다.

 

 

COMP90014 Algorithms for Bioinformatics (생명 정보 알고리즘)

그렇다 또 나왔다. 알고리즘. 나는 알고리즘을 더럽게 못하지만 (작년에 들었던 기초알고리즘 수업도 망했었다.....).

계산생물학 분야에 있는한 알고리즘은 필수이기도 하고 이 수업은 코어 수업이기 때문에 피할 수 없었다.

다행히 엄청 빡신 알고리즘만 다루는 수업보다는 머신러닝을 조금 플러스한 수업이여서

조금 덜 허덕대면서 수업을 들을 수 있었다.

기본적인 시퀀스 매칭 알고리즘부터 시퀀싱 기술에 쓰이는 short read assembly, long read assembly 에 대한 이해가 훨씬 높아졌음을 느낀다.

 

 

MAST90083 Computational Statistics & Data Science (전산통계학)

와..... 이 수업은 헬이였다. 

사실 1학기때 MCMC를 실습하면서 다른 parameter estimation 을 할 수 있는 알고리즘들을 실습하면서 공부해볼 수 있을까 하여 신청을 하였는데, Data Science 코어 과목이다보니 교수님이 linear model 부터 non-linear model 까지 아주 자세히 강의를 해주시는 바람에, Discord 채널에서부터 아주 한학기 내내 악명이 자자한 수업이였다.

아무래도 교수님이 첫 부임하시다보니 학생들의 레벨을 잘 못 이해하고 계신것 같았다. 

시험또한 어려웠는지 최종 성적은 처음 mark 보다 scale-up 되어 있었다.

시간도 엄청 투자했고. 성적도 턱걸이로 H1 이 나와 만족은 하지만 고생을 너무해서 한동안 통계책은 멀리할 것 같다.

random matices에 대한 이해는 높아져서 좋았다.

 

 

POPH90124 Statistical Genomics (통계 유전학)

1학기에 들은 David 교수님의 강의력도 마음에 들었고, 학부3학년 통계유전학수업을 듣는것은 학점인정이 안되어

코스 코디네이터한테 졸라서 biostat 전공에 있는 graduate level 통계유전학 수업을 신청하여 들었다. 

biostat 코스에 있는 친구들은 호주에 있는 큰 대학들이 다 합쳐져서 수업을 듣기 때문에 시드니대학교의 ID을 새로 받아 시드니대학교 캔버스를 통해 수업이 진행 되었다. 수업은 역시 난이도가 있어서인지, 마지막쯤 되니 학생들이 모두 드랍하여 7명정도의 남은 학생들만 시험을 보았다. 다행히 너그럽게 과제와 시험을 평가해주셔서, 잘 마무리 할 수 있었다.

 

 

올해는 작년보다 성적이 좋아져 한과목을 제외하고는 모두 H1을 받음에 감사하고 있다. (망할 알고리즘)

이제 내년에 들어야하는 강의는 필수 2개 와 커뮤니케이션 수업 2개가 남았다. 다행히 코스 코디네이터 교수님이

내가 연구 프로젝트를 진행할 수 있게 허락해주어 내년에는 4 unit 에 해당하는 학점을 연구활동으로 쓸 수 있게 되었다.

 

다음주쯤 시스템 생물학 분야에 계신 분들에게 컨택을 해볼 예정인데,

재미있는 연구를 시작할 수 있었으면 하는 바람이다.